Fakulta rybářství a ochrany vod Jihočeské univerzity vznikla v roce 2009, jde o osmou fakultu Jihočeské univerzity.
Část výuky (bakalářské a magisterské programy) probíhá v kampusu univerzity v Českých Budějovicích, kde sídlí i Ústav akvakultury. Doktorské studium se odehrává ve Vodňanech, kde se nachází děkanát fakulty a Výzkumný ústav rybářský a hydrobiologický.