Ústav rozvíjí základní botanický výzkum na úrovni druhů, populací i společenstev. Zastoupeny jsou tyto obory: taxonomie a fytogeografie vyšších i nižších rostlin (včetně algologie, ekotoxikologie, mykologie, bryologie a lichenologie), ekologie rostlin, zahrnující populační biologii, srovnávací a produkční ekologii a ekofyziologii, mykorhizní symbiózy, a dále syntaxonomie a synekologie, soustřeďující se na výzkum větších vegetačních komplexů včetně vegetačního mapování a paleoekologie.
